ISLAM dipercayai telah mula bertapak di Sarawak selewat-lewatnya pada kurun ke-16 Masihi lagi melalui pengaruh Kesultanan Melayu Brunei Darussalam. Pertabalan Sultan Tengah sebagai Sultan Sarawak Darul Hana (dengan gelaran Sultan Ibrahim Ali Omar Shah) pada tahun 1599 Masihi dianggap sebagai detik rasmi bertapaknya Islam di Sarawak. Para Sharif berketurunan Arab telah diberi kepercayaan untuk mentadbir urusan umat Islam di Sarawak bagi pihak pemerintah Brunei pada ketika itu.

Semasa era pemerintahan Brooke pada 1841 Masihi, Datu’s Court diwujudkan untuk menguruskan hal ehwal umat Islam dengan mewujudkan semula jawatan dan gelaran seperti Datu Patinggi, Datu Bandar, Datu Temenggong, Datu Hakim dan Datu Imam. Sebelum kewujudan Majlis Islam Sarawak, terdapat sebuah organisasi yang dinamakan Majlis Shuyukh Al-Islam yang ditubuhkan pada tahun 1917. Majlis ini telah dipelopori oleh empat (4) orang tokoh iaitu Mufti Abang Haji Nawawi, Imam Abang Haji Baha’uddin bin Haji Taha, Abang Haji Julaihi dan Haji Mohammad Salleh Arif.

Majlis Islam Sarawak ditubuhkan pada 1 Mei 1955 di bawah Majlis Islam Incorporation Ordinance, 1954. Dalam Bab 105 Ordinance Majlis Islam Sarawak menyatakan bahawa Majlis Islam Sarawak bertanggungjawab menggubal dasar dan mentadbir urusan hal ehwal Islam di negeri Sarawak. Yang Dipertua Majlis Islam Sarawak yang pertama adalah Datu Abang Haji Openg bin Abang Sapi’ee. Manakala ahli-ahli terdiri daripada Abang Haji Baha’udin bin Haji Taha, Haji Busrah bin Osman, Mohamed Yakub, Haji Bolhassan bin Haji Daud, Che Jol bin Abdul Karim, Haji Seruji bin Ali dan Abang Morni bin Abang Haji Latif.  Datu Hakim secara langsung  sebagai ahli Ex-Officio tanpa pelantikan. Berdasarkan sub perkara 3, seksyen 9 mengatakan bahawa pelantikan mereka adalah selama 3 tahun. Setiausaha MIS yang pertama adalah Encik Abang Daim bin Haji Abdul Rahim.

Dalam masa yang sama, Majlis Islam Sarawak telah melantik ahli daripada golongan ulama’ yang berkemampuan untuk mengurus hukum hakam dan fatwa. Mereka terdiri daripada Encik Abang Haji Baha’udin bin Haji Taha, Tuan Haji Bolhassan bin Haji Daud, Encik Mohammad Mortadza bin Haji Daud, Encik Jol bin Abdul Karim, Encik Wan Madihi bin Syeed Osman. Pelantikan mereka berkuatkuasa pada 1 Mei 1955.  Datu Hakim juga adalah ahli Ex-Officio tanpa pelantikan.

Majlis Islam Sarawak sentiasa membuat transformasi seiring dengan perubahan semasa.